За все время своей профессиональной деятельности Ю.К. Шафраник всегда считал, что решение любых серьезных проблем требует общественного обеспечения.

Во время работы Губернатором Тюменской области он инициировал создание Административного совета, в состав которого вошли руководители представительной и исполнительной власти трех субъектов Федерации, расположенных на территории Тюменской области: Ханты-Мансийского автономного округа, Ямало-Ненецкого автономного округа и собственно Тюменской области. Состав, полномочия и ответственность Административного совета были утверждены решениями Советов каждого из трех субъектов Федерации. Этот  консультативно-совещательный орган снял напряжение между территориями, вырабатывал и реализовывал согласительные процедуры принятия решений,  помогал конкретно и безконфликтно строить отношения между тремя субъектами Федерации. Недавно этот орган отметил свое 10-летие и продолжает успешно работать.

В 1992 году после подписания известного Указа Президента Российской Федерации от 17 сентября 1992 года "О некоторых особенностях приватизации государственной собственности в нефтяной промышленности Российской Федерации" Ю.К. Шафраник предложил провести в Тюмени встречу руководителей предприятий нефтяной промышленности России, которая стала организационным съездом Союза нефтепромышленников (впоследствии нефтегазопромышленников) России. На этапе переходных процессов от плановой к рыночной экономике и реформирования предприятий нефтяной промышленности Союз сыграл свою позитивную роль, объединяя усилия нефтяников на защиту профессиональных интересов. За время существования Союза нефтегазопромышленников Ю.К. Шафраник постоянно избирался членом Совета Союза, а с апреля 2002 года избран Председателем Совета Союза нефтегазопромышленников России.

В сложный период структурной перестройки отраслей топливно-энергетического комплекса Ю.К. Шафраник, работая Министром топлива и энергетики Российской Федерации, наглядно увидел, что проблемы ТЭК зачастую однобоко и не профессионально освещаются в средствах массовой информации. Это стало причиной создания в 1993 г. некоммерческой организации - Ассоциация "Совет по информации и сотрудничеству топливно-энергетического комплекса" (СИСТЭК). В ее состав вошли ряд субъектов Федерации, а также ведущие компании и предприятия ТЭК России. Ю.К. Шафраник является бессменным Председателем Совета  СИСТЭК.

В декабре 1993 года  в результате выборов в Государственную Думу Российской Федерации депутатами были избраны десятки представителей предприятий ТЭК из различных регионов России. Для законодательного обеспечения деятельности отраслей ТЭК в период их активного реформирования, Министр топлива и энергетики России Ю.К. Шафраник принимает участие в формировании депутатской фракции "Новая региональная политика".  Впоследствии эта фракция трансформировалась в депутатскую группу "Регионы России". Депутаты "Регионов России" активно участвовали в законотворческом процессе, тесно увязывая интересы федеральной власти с интересами регионов. 

Активное включение нефтяных компаний в мировую экономику, организационное становление российских вертикально-интегрированных нефтяных компаний, необходимость изучения опыта работы мировых нефтяных компаний и организация взаимодействия с ними потребовало создания специальной негосударственной, неформальной структуры. Поэтому в 1994 году во время проведения в Вашингтоне очередной сессии Комиссии "Гор - Черномырдин" Ю.К. Шафраник предложил руководителям российских и американских компаний учредить Московский Международный нефтяной клуб (ММНК). Эта идея была поддержана американскими бизнесменами и руководителями Правительств России и США.  Деятельность клуба во многом способствовала появлению совместных российско-американских проектов. ММНК явился организатором тесного и плодотворного взаимодействия российских и американских законодателей по линии Конгресс США - Государственная Дума Российской Федерации. ММНК много сделал для развития и укрепления сотрудничества российских нефтяников с их западными коллегами. Участники ММНК регулярно проводят свои заседания, деловые встречи, конференции.

Шафраник Ю.К. являлся инициатором, организатором и первым Председателем Клуба.

Ю.К. Шафраник активно участвует в работе некоммерческого партнерства "Горнопромышленники России", в деятельности Международной академии ТЭК, Горной академии, Международной технологической академии.

В 2002 году Ю.К. Шафраник стал инициатором и организатором создания некоммерческой организации Фонд поддержки молодежных инициатив и здорового образа жизни "Наш выбор - Малая Родина", в состав которого вошли органы власти г. Ишима и Ишимского района Тюменской области, ряд тюменских предприятий.  Целью деятельности Фонда является создание условий для личностной самореализации молодых жителей Ишимского района Тюменской области - родины Ю.К. Шафраника - в социальной и профессиональной сферах.

В 2003 году Ю.К. Шафраник совместно с партнерами создает Фонд «Мировая политика и ресурсы». Это российская неправительственная, некоммерческая организация, основная деятельность которой направлена на выявление тенденций и формирование прогнозных оценок мирового развития с учетом ресурсного фактора для использования при выработке политико-экономических стратегий поведения. Ю.К. Шафраник является Президентом Фонда.

В 2004 году Шафраника Ю.К. избирают Председателем Российско-Саудовского делового Совета (РСДС) с российской стороны. Целью деятельности РСДС является укрепление и расширение взаимовыгодных экономических отношений между Россией и Саудовской Аравией.